(1)设备选型方面。制药设备选型存在凭经验选型(未经过实际计算、或者数据计算不足)、盲目追求先进性、物性数据考察不充分等问题，严重影响设备的实用性和经济性。
(2)设备安装及培训方面。在制药设备安装过程中，往往重视施工进度，忽略施工质量，从而导致后期设备维护费用增加；此外，设备维修及操作人员培训不足也给制药设备管理及维护带来隐患。
(3)管理及维护信息化投入不足。现今，虽然很多企业都很重视设备的管理及维护，也针对设备的维修记录及基本参数做了一定的管理和记录，但仍旧存在一些问题,如难以提供既往维修数据、缺少制药设备的说明资料(如说明书、图纸)等，这无形的增加了设备管理、维护及改造的难度。
(4)管理制度方面。缺乏管理制度及方法，致使对制药设备检修人员管理不足，检修人员工作缺乏规范性，给制药设备管理及维护过程留下隐患。
